免费版查重工具通常是在线免费提供的查重服务，适合一般的学术论文查重需求。而知网查重是知网公司提供的专业查重服务，拥有更加全面和准确的查重数据库，适合对查重要求较高的用户。免费版查重可能存在查重范围较窄、准确度不高等问题，而知网查重则具有更高的查重准确度和可靠性。

另外，免费版查重工具通常对于大段文字或者特定格式的文档支持不够完善，而知网查重则能够更好地适应不同类型的文本格式和长度要求。此外，知网查重还提供了更加专业的查重报告和服务支持，能够帮助用户更好地进行论文查重和学术写作。因此，根据实际需求和要求选择合适的查重工具非常重要。